La incapacidad es donde más se equivoca la nómina de las empresas pequeñas, porque el responsable del pago cambia varias veces durante una misma incapacidad larga. Y el porcentaje también.
Aquí está la tabla completa.
Enfermedad general
| Días | Quién paga | Porcentaje |
|---|---|---|
| 1 y 2 | Empleador | 66,67% |
| 3 a 90 | EPS | 66,67% |
| 91 a 180 | EPS | 50% |
| 181 a 540 | Fondo de pensiones (AFP) | 50% |
Dos reglas que cambian el resultado:
- Nunca por debajo del mínimo. Si el 66,67% da menos de un salario mínimo diario proporcional, se paga el mínimo. Con salario mínimo, la incapacidad se paga al 100%, no al 66,67%.
- Los dos primeros días son tuyos. Muchas empresas los mandan a la EPS, la EPS los rechaza, y ese valor queda sin pagar hasta que el empleado reclama.
Accidente de trabajo o enfermedad laboral
Aquí el esquema es completamente distinto:
| Días | Quién paga | Porcentaje |
|---|---|---|
| Desde el día siguiente al accidente | ARL | 100% |
El 100% se liquida sobre el IBC del mes anterior al accidente. El día del accidente lo paga el empleador como día laborado normal, porque el trabajador sí asistió.
Que sea la ARL y no la EPS depende de la calificación del origen. Si el origen se discute, la EPS paga mientras se resuelve y luego se hacen los cruces entre administradoras. No dejes al empleado sin pago mientras eso se define.
Cómo se liquida, paso a paso
Tomemos un empleado con salario de $2.500.000 y una incapacidad por enfermedad general de 10 días.
1. Salario diario
$2.500.000 / 30 = $83.333
2. Días 1 y 2 (empleador, 66,67%)
$83.333 × 66,67% × 2 = $111.111
3. Días 3 a 10 (EPS, 66,67%)
$83.333 × 66,67% × 8 = $444.444
4. Verificar el piso del mínimo
El salario mínimo diario de 2026 es $1.750.905 / 30 = $58.363. Como $55.556 diarios queda por debajo de ese piso, hay que ajustar al mínimo: $58.363 por día. Así, los días 1 y 2 quedan en $116.727 y los días 3 a 10 en $466.908.
Ese cuarto paso es el que casi nadie hace, y es el que genera los reclamos.
Lo que pasa con los aportes
Durante la incapacidad:
- Salud y pensión: se siguen aportando sobre el valor de la incapacidad
- ARL: no se aporta durante la incapacidad
- Caja de compensación: no se aporta sobre el valor de la incapacidad, porque no es salario
El empleado sigue cotizando su parte, descontada del valor de la incapacidad.
Qué sí y qué no se afecta
| Concepto | ¿Se afecta? |
|---|---|
| Prima de servicios | No, la incapacidad computa |
| Cesantías | No, computa |
| Vacaciones | No, computa |
| Auxilio de transporte | Sí, no se paga durante la incapacidad |
El auxilio de transporte es la excepción, porque su causa es el desplazamiento y durante la incapacidad no hay desplazamiento.
El error de los 180 días
Al llegar al día 180, la responsabilidad pasa al fondo de pensiones, pero eso no ocurre solo. Hay que iniciar el trámite y remitir la documentación. Si nadie lo hace, la incapacidad queda sin pagador y el empleado termina reclamándole a la empresa.
Ponle una alerta al día 150 de cualquier incapacidad continua. Es el margen que necesitas.
En AppTiempo las incapacidades se cargan con su tramo y responsable, y el sistema calcula el valor aplicando el piso del salario mínimo automáticamente.
Preguntas frecuentes
¿Quién paga los dos primeros días de incapacidad?
En enfermedad general, los dos primeros días los asume el empleador y se pagan al 66,67% del salario. A partir del día tres y hasta el día 90 responde la EPS, también al 66,67%.
¿La incapacidad se puede pagar por debajo del salario mínimo?
No. Aunque el 66,67% del salario dé un valor inferior, el pago de la incapacidad nunca puede ser menor a un salario mínimo diario proporcional.